Klockan tre på morgonen gör säkerhetspolisen och terroristpolisen tillslag mot ett antal familjer i en Stockholmsförort. Ett femtiotal personer grips och transporteras bort. De gripna får ingen vetskap om vad de är misstänkta för. Men nästa dag exploderar nyheten att ”al-Qaida i Sverige” har oskadliggjorts och att landet räddats från den största katastrofen någonsin. Nio personer häktas som terrorister och därefter utbryter den stora tystnaden. Ingen vet vad som sker i polisutredningen. Polisintendent Ewa Johnsén-Tanguy, som är förhörsexpert på Ekobrottsmyndigheten, får till sin förvåning ett helt nytt jobb, att leda förhören med de misstänkta terroristerna. Därmed förändras hennes liv, bland annat innebär det att vänskapen med journalisten Erik Ponti utsätts för svåra slitningar. I kriget mot terrorismen hamnar Ewa Johnsén-Tanguy och Erik Ponti på helt olika sidor.

Jan Guillou gör i romanen Fienden inom oss upp med de lagar som sägs vara avsedda att skydda demokratin men som skadar den betydligt mer än terrorismen gör.